1、濃差極化

反滲透脫鹽系統(tǒng)里，膜的選擇透過性，可以讓水分子從高壓側透過膜，但是溶質分子依舊殘留在原溶液里，這會導致膜表面上的料液和進口料液之間產生一個濃度差，甚至會產生很高的濃度梯度，這種現(xiàn)象可以稱為濃差極化。濃差極化會使料液滲透壓變大，可以有效推動力減小，造成透水速度和脫鹽率下降。

2、無機鹽結垢

CaCO3、CaSO4、CaF2及SiO2 等溶度積較小的鹽類，在反滲透過程中可能會被析出來，因此產生沉積物就停留在膜表面上或在進水通道中形成水垢。

3、吸附性污染

一些井水水源會含有鐵離子和錳離子，并且具有一定的還原性，這類水源容易造成膜污堵，根本原因是鐵、鋁、錳等在膜表面產生膠體顆粒污堵。金屬污染表現(xiàn)是產水量下降，壓差上升。

4、生物污泥的形成

使用地表水和污水的水源，常會遇到生物污泥問題。因為膜的表面覆蓋這生命力旺盛的微生物污泥時，膜除去的鹽類會陷在黏層當中，不容易被水沖走，給微生物的繁殖提供了豐富的營養(yǎng)物質，而且反滲透進水前在預處理時會加入阻垢劑、軟水劑等也能促進微生物生長。

5、膠體物污染

地下水及地表水都含有鐵、鋁、硅、有機質等物質，它們會和預處理時加入的混凝劑、助凝劑、阻垢劑等形成膠體沉積在膜表面造成膠體污染。膠體物污染比較難處理。

6、水錘現(xiàn)象

因為反滲透系統(tǒng)設計的不合理性，使其在開始調試階段時，裝填膜的膜殼內會有大量的空氣，而當待處理液進入膜殼時，因為空氣的可壓縮性，所以不能完全排盡;如果空氣在膜殼內達到一定壓力，會突然爆破釋放，引起反滲透膜在膜殼內相互撞擊、擠壓以及竄動，產生“水錘”現(xiàn)象。

7、懸浮顆粒物

保安過濾器容易造成過濾介質、腐蝕碎片及異物等的泄漏或反滲透初次投用時沖洗不徹底，可能使膜元件受到污染。

8、其他因素造成的污染